如何確定基因的內(nèi)含子和外顯子序列及基因結(jié)構(gòu)
基因的內(nèi)含子和外顯子的序列
在NCBI找到基因序列之后，要確定其內(nèi)含子和外顯子的序列是比較簡單的。如果是RefSeq序列的話，那就更加容易了。簡單的思路就是跟基因組序列比對就行了。
% 用NCBI的Splign工具，詳見：圖解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4個外顯子的序列 。
% 但由于豬KIT(FJ938289)基因不是Refseq序列。這就比較難了，由該序列的注釋可知（/chromosome="8），該序列是屬于第8號染色體。
% 所以先確定豬（Pig，Sus scrofa）的第8號染色體是否已經(jīng)測完序了。先在Taxonomy數(shù)據(jù)庫搜索，得到Taxonomy ID: 9823。直接用關(guān)鍵詞
txid9823[Organism:noexp] 搜索Genome數(shù)據(jù)庫。豬有19條染色體，結(jié)果為11。
% 但其中并沒有第8號染色體的。所以要確定豬KIT(FJ938289)基因的內(nèi)含子和外顯子的序列，好像就不大可能了。反正我是沒辦法了。
基因結(jié)構(gòu)圖
1，NCBI提供的Graphics工具
在NCBI搜索FJ938289之后，接下來用NCBI提供的Graphics工具來查看，就能知道基因的內(nèi)含子和外顯子的序列了（同時也是一個基因結(jié)構(gòu)圖哦）。
2，GSDS在線工具：基因結(jié)構(gòu)圖
豬KIT(FJ938289)基因運行后的結(jié)果看
這個網(wǎng)站界面都很簡單，所以就不多講了，不過不夠智能。
3，用BioPerl也用畫基因結(jié)構(gòu)圖
詳看：Bioperl:把Genbank格式的序列轉(zhuǎn)換為基因結(jié)構(gòu)圖
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