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如何確定基因的內含子和外顯子序列及基因結構
發布日期:2022-06-29 20:54:56


如何確定基因的內含子和外顯子序列及基因結構


基因的內含子和外顯子的序列


在NCBI找到基因序列之后,要確定其內含子和外顯子的序列是比較簡單的。如果是RefSeq序列的話,那就更加容易了。簡單的思路就是跟基因組序列比對就行了。

% 用NCBI的Splign工具,詳見:圖解:如何在NCBI上找到HNF-4基因第4個外顯子的序列 。


% 但由于豬KIT(FJ938289)基因不是Refseq序列。這就比較難了,由該序列的注釋可知(/chromosome="8),該序列是屬于第8號染色體。


% 所以先確定豬(Pig,Sus scrofa)的第8號染色體是否已經測完序了。先在Taxonomy數據庫搜索,得到Taxonomy ID: 9823。直接用關鍵詞

txid9823[Organism:noexp] 搜索Genome數據庫。豬有19條染色體,結果為11。


% 但其中并沒有第8號染色體的。所以要確定豬KIT(FJ938289)基因的內含子和外顯子的序列,好像就不大可能了。反正我是沒辦法了。


基因結構圖


1,NCBI提供的Graphics工具


在NCBI搜索FJ938289之后,接下來用NCBI提供的Graphics工具來查看,就能知道基因的內含子和外顯子的序列了(同時也是一個基因結構圖哦)。


2,GSDS在線工具:基因結構圖


豬KIT(FJ938289)基因運行后的結果看


這個網站界面都很簡單,所以就不多講了,不過不夠智能。


3,用BioPerl也用畫基因結構圖


詳看:Bioperl:把Genbank格式的序列轉換為基因結構圖




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