真菌基因組生物信息學分析:思路與流程
對一種真菌的基因組測序研究或許能夠回答下面的問題:
為什么一種真菌能夠成為病原物,而另外一種能夠成為一種殺蟲劑。
下一代的測序技術(SOLiD , 454 and Genome Analyzer System )使得對真菌進行快速的測序成為可能,
在得到測序數據后,主要要進行后續的數據處理和分析:
第一步:
對序列進行組裝,如果是重測序,可以用MAQ 進行組裝;
如果是對新物種進行(de novo)測序,用velvet 進行組裝.
第二步:
對組裝后得到的Scaffold進行全基因組基因注釋:
包括:基因組組分分析;編碼基因預測;重復序列注釋;Non-coding RNA基因注釋;Micro RNA基因注釋;tRNA基因注釋;假基因(Pseudogene)注釋等.
第三步:
對預測的基因進行功能(Gene Ontology,調控Motif,Pathway等)注釋:
可以使用的軟件有:InterproScan ,SignalP ,SMURF
第四步:
比較基因組和分子進化分析:
如快速進化(rapid evolution)分析,共線性分析(Synteny Block),基因家族分析等
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