Blastn之引物序列驗證篇
先找到需要設計引物的目標基因的在有引物序列的 mRNA 序列，可以通過全文（如最先發(fā)現(xiàn)該基因的文章），全文中有時可以找到大鼠 c-jun mRNA 序列的 ACCESSION NUMBER ，在 PubMed 中的“ Nucleotide ”中用此 ACCESSION NUMBER 就能找到序列。可以利用這個 ACCESSION NUMBER 在 PubMed 中的“ Nucleotide ”中搜索到序列后，點擊右邊的“ Links ”，再點擊里面的“ Related Sequences ”就能找到所有的大鼠 c-jun mRNA 序列及其他物種的一些 c-jun mRNA 序列。
文獻中的引物最好先驗證其序列正確，并用軟件分析引物比較好后再采用。通過 BLAST 驗證，既可知道序列是否正確，也可同時了解引物的特異性、引物的位置及 PCR 產物的大小等。
如果僅僅是為了驗證引物序列是否正確（僅適合于基于完全匹配原則設計的引物），也可以用 Blast 的“ Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ”或“ Search for short, nearly exact matches ”搜索，具體方法為：
1. 打開 Blast ，點擊“ Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) ”或“ Search for short, nearly exact matches”
2. 等新頁面完全顯示后，將引物序列直接 copy 到“ Search ”框（沒有必要將下游引物序列轉換成其互補鏈），下面 3 種方法都可以（我覺得這 3 種方法的搜索結果沒有什么區(qū)別，沒仔細比較過哦！）
（１）直接拷貝上游引物序列，然后直接將下游引物序列拷貝在上游引物后面
（２）直接拷貝上游引物序列，在上游引物序列后加一空格，然后直接將下游引物序列拷貝在空格后面
（３）直接拷貝上游引物序列，換行，然后直接拷貝下游引物序列
注意：記住上、下游引物的長度，如上游引物為 19bp 、下游引物為 18bp ，這在查看 Blast 結果時有用。
3. 點擊“ BLAST ！”，新頁面完全出來以后，點擊“ Format ！”。
4. 結果完全出來后，查找有沒有和 1-19 、 20-37 同時完全匹配的基因，其他的就不用考慮了。當然，如果下游引物序列所對應的基因片段的 3' 端正好和上游引物序列的 3' 端的 1 或 2 個堿基互補，那就可能是 19-37 或 18-37 。
如果有，那你的引物序列就是正確的。從文獻上查的引物，除了要用 Blast 驗證其序列是否正確外，還是應該用軟件分析分析到底引物好不好。
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