發酵工業的微生物菌種是多種多樣的，為滿足大規模的生產模式，選擇菌種應當遵循以下的原則：

1、選育抗噬菌體能力強的菌株，使其不易感染噬菌體；

2、菌種純粹，不易變異退化，以保證發酵生產和產品質量的穩定性；

3、可以在易于控制的培養條件下迅速生長和發酵，且所需酶活力高；

4、菌種不是病原菌，不產生有害的生物活性物質和毒素，以保證安全；

5、能在廉價原料制成的培養基上迅速生長，并形成所需的代謝產物，產量高；

6、根據代謝控制的要求，選擇單產高的營養缺陷型突變株或調節突變株或野生菌株。

1、枯草芽孢桿菌 (Bacillus subtilis)

枯草芽孢桿菌分布廣，常存在于枯草、土壤等，一般為腐生菌，在一定程度上更容易篩選到合適的菌種，同時，其具有能產生大量淀粉酶和蛋白酶的特點。

2、大腸桿菌 (Escherichia coli)

利用大腸桿菌可以制取天冬氨酸、蘇氨酸、纈氨酸等，其谷氨酸脫羧酶可以用來進行谷氨酸的定量分析，并且大腸桿菌是基因工程很好的材料。

3、乳酸桿菌 (Lactobacillus sp.)

乳酸桿菌是革蘭氏陽性菌，無芽孢，厭氧或兼性厭氧，可生產乳酸，常用于干酪的成熟、乳脂的酸化和腌菜、泡菜制作等。

4、丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutyleum)

丙酮丁醇梭菌的芽孢呈現卵形，中生或次端生，使芽孢囊膨大成梭狀或鼓槌形，屬于專性厭氧菌，主要用于發酵生產丙酮丁醇。

5、腸膜狀明串珠菌 (Leuconostoc mesenteroides)

腸膜狀明串珠菌屬于革蘭氏陽性菌、微需氧至兼性厭氧，生長需要纈氨酸和谷氨酸。在蔗糖液中形成特征性葡聚糖黏液（20~25oC促使形成），用于生產葡聚糖。但腸膜狀明串珠菌能夠使糖汁變粘而無法加工，所以為糖廠有害菌。

6、醋酸菌 (Acetobacter)

醋酸菌屬于革蘭氏陰性菌，不形成芽孢，好氣性。可以分為只將乙醇氧化成醋酸和將產生的醋酸繼續氧化成CO2和水的兩群醋酸菌，因此可以用來生產醋酸。

7、棒狀桿菌 (Corynebacterium)

棒狀桿菌能夠以葡萄糖為原料發酵產生酸，是谷氨酸和其他氨基酸的高產菌。

8、短桿菌 (Brevibacterium)

短桿菌是氨基酸、核苷酸工業生產中常用的菌種，也是酶法合成生產輔酶A的菌種。

9、黃單胞菌 (Xanthomonas)

黃單胞菌屬于革蘭氏陰性菌，細胞呈現直桿狀，無芽孢，極生鞭毛。在含蔗糖的瓊脂平板上形成圓形、邊緣整齊、粘稠光滑的黃色菌落；液體培養形成黃色粘稠的膠狀物——莢膜多糖，其黃色為一種水溶性色素。另外，野油菜黃單胞菌(X. campestris) 可以淀粉生產黃原膠。

10、假單胞菌 (Pseudomonas)

假單胞菌能發酵生產維生素B12、丙氨酸、谷氨酸、葡萄糖酸、色素、果膠酶；也能進行類固醇（甾體）轉化；有些菌株可利用烴類生產單細胞蛋白。