凝膠回收常見問題分析
未回收或回收率低
1. 膠塊未全部溶解.溶解凝膠時應置于55℃水浴，不斷上下顛倒，確定膠塊完全溶解后再進行下一步驟。
2. 膠塊太大（>400 mg）.如果需要處理的膠塊太大，應先將其切成小塊，做兩次回收或選用大量型回收 試劑 盒。
3. 電泳緩沖液pH值太高.硅膠膜在高鹽及低pH值（pH≤7.5）時可結合DNA，在低鹽及高pH值（pH≥8）條件下洗脫。如果電泳緩沖液pH值太高，會導致DNA無法結合或降低結合率。可在溶膠后加入 10μl KAc（pH5.0），將pH值調至7.5以下。
4. 漂洗液中未加無水乙醇.第一次使用前應在漂洗液中加入無水乙醇。漂洗液每次用后應擰緊瓶蓋，以免乙醇揮發，降低回收率。
5. 洗脫緩沖液不合適.DNA只在低鹽溶液中才能被洗脫，如洗脫緩沖液EB (10 mM Tris·Cl, pH8.5)或水。洗脫效率取決于pH值。最大洗脫效率在pH 7.0-8.5間。當用水洗脫時確保其pH值在此范圍內。
6. 洗脫緩沖液未加在離心柱中間尤其使用較少量洗脫緩沖液時，應加在離心柱正中間，并放置1-2分鐘，再離心。
7. 加入異丙醇后產生霧狀和凝膠狀沉淀。這種現象可能是鹽沉淀，顛倒混合樣品沉淀就會消失。 或者是膠塊沒有完全溶解，此時可將混合物加入離心柱，離心，在離心柱中再加入0.5 ml 溶膠液室溫放置1min，離心即可出去剩余 瓊脂 糖凝膠。
回收后的片段無法用于后續實驗，如連接等
1. 洗出液中含乙醇。洗脫時硅膠膜或硅膠樹脂上有漂洗緩沖液殘留，會使洗脫產物中含有乙醇，影響下游操作。在洗脫前可通過再次離心或置于50℃烤箱中5-10分鐘，徹底去除漂洗緩沖液。
2. 洗出液中污染有 瓊脂 糖。凝膠未全部溶解。
3. 洗脫產物含有ssDNA，表現為在瓊脂糖電泳上呈小彌散帶。將洗脫產物95℃加熱 2 min,慢慢冷卻到室溫，使單鏈DNA重新退火復性即可。
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