NCBI中的GenBank和RefSeq
RefSeq NM_xxxxxx 和 GenBank Afxxxxxx 看起來是重復(fù)的，但 RefSeq 和 GenBank 是分開的數(shù)據(jù)庫，而且兩者都是可以通過在 Entrez nucleotide 中輸入各自的 ACCESSION 獲得。開始時臨時的 RefSeq 記錄與 GenBank 記錄非常相似。
但是，當(dāng) RefSeq 記錄被專家 review 以后，新增的序列數(shù)據(jù)、生物學(xué)注解、和參考文獻常被加入。那時， RefSeq 條目（即序列）代表一個來自不同實驗室的綜合信息，這時二者可以非常不同。
GenBank 是一個多種序列的存儲池，對每個基因都含有許多序列。而 RefSeq 數(shù)據(jù)庫被設(shè)計成每個人類位點挑出一個代表序列來減少重復(fù)，是 NCBI 提供的校正的序列數(shù)據(jù)和相關(guān)的信息。數(shù)據(jù)庫包括構(gòu)建的基因組 contig 、 mRNA 、蛋白和整個染色體。
RefSeq 記錄是有三種可以獲得的狀態(tài)：預(yù)測的，臨時的和檢查過的（ reviewd ）。檢查過的記錄代表了目前關(guān)于一個基因和它的轉(zhuǎn)錄子的知識的匯編。它們很多都來自于 GenBank 記錄、人類基因組命名委員會、和 OMIM 。 RefSeq 標(biāo)準(zhǔn)為人類基因組的功能注解提供一個基礎(chǔ)。
RefSeq 記錄通過以下步驟創(chuàng)建：
1 、確定代表不同基因的序列
2 、建立正確的基因名字到登錄號的聯(lián)系
3 、確定完整范圍的可以獲得的序列數(shù)據(jù)
4 、創(chuàng)建一個新的處于三種狀態(tài)之一的參考序列 (RefSeq) 記錄
為什么 RefSeq 記錄中的基因符號（ symbol ）有時和相關(guān)的 GenBank 中的不一樣？ RefSeq 全部使用官方基因符號。而 GenBank 是一個公共的序列備份庫，由數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)者提供。有的作者會向相關(guān)的物種命名委員會取得官方基因符號，但有的作者沒有，所以有時會產(chǎn)生別名。
GenBank 與 Pubmed 相同，通過 display 可以選擇顯示格式，常用的有 GenBank 和 FASTA 兩種格式。如果要對基因序列作進一步分析， FASTA 格式是很好的選擇。 FASTA 格式僅包括該序列的簡要特征，并以 ATGC4 種堿基列出核苷酸序列，簡單明了。
而 GenBank 格式可顯示較完整的基因序列記錄，反映核苷酸序列的詳細信息。
北京天優(yōu)福康生物科技有限公司
官網(wǎng)：http://www.jyzjsd.com/
服務(wù)熱線：400-860-6160
聯(lián)系電話/微信：13718308763
QQ:2136615612 3317607072
E-mail：Tianyoubzwz@163.com
