蛋白酶活性與PH值的關系
許多細胞蛋白酶只有在溶酶體的偏酸性環境中才具有最大的活性，將pH調制中性將有助于使蛋白酶的活性降至最低，但是仍然不能完全消除它的影響，目前最常用的方法是通過加入蛋白酶抑制劑控制蛋白酶水解，同時盡可能在4度下進行操作，PMSF毒性確實很大，它是絲氨酸蛋白酶的抑制劑，但是一般的蛋白酶抑制劑都有毒性的。
EDTA能螯合二價金屬陽離子，可以抑制多種金屬蛋白酶。
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