影響電泳遷移率的因素
⒈電場強度 電場強度是指單位長度（ cm）的電位降，也稱電勢梯度。如以濾紙作支持物，其兩端浸入到電極液中，電極液與濾紙交界面的紙長為 20cm，測得的電位降為 200V，那么電場強度為 200V/20cm＝ 10V/cm。當電壓在 500V以下，電場強度在 2-10v/cm時為常壓電泳。電壓在 500V以上，電場強度在 20-200V/cm時為高壓電泳。電場強度大，帶電質點的遷移率加速，因此省時，但因產生大量熱量，應配備冷卻裝置以維持恒溫。
⒉溶液的 pH 值 溶液的 pH決定被分離物質的解離程度和質點的帶電性質及所帶凈電荷量。例如蛋白質分子，它是既有酸性基團（ -COOH），又有堿性基團（ -NH2 ）的兩性電解質，在某一溶液中所帶正負電荷相等，即分子的凈電荷等于零，此時，蛋白質在電場中不再移動，溶液的這一 pH值為該蛋白質的等電點（ isoelctric point， pI）。若溶液 pH處于等電點酸側，即 pH＜ pl，則蛋白質帶正電荷，在電場中向負極移動。若溶液 pH處于等電點堿側，即 pH＞ pl，則蛋白質帶負電荷，向正極移動。溶液的 pH離 pl越遠，質點所帶凈電荷越多，電泳遷移率越大。因此在電泳時，應根據樣品性質，選擇合適的 pH值緩沖液。
⒊溶液的離子強度 電泳液中的離子濃度增加時會引起質點遷移率的降低。其原因是帶電質點吸引相反符合的離子聚集其周圍，形成一個與運動質點符合相反的離子氛（ ionic atmosphere），離子氛不僅降低質點的帶電量，同時增加質點前移的阻力，甚至使其不能泳動。然而離子濃度過低，會降低緩沖液的總濃度及緩沖容量，不易維持溶液的 pH值，影響質點的帶電量，改變泳動速度。離子的這種障礙效應與其濃度和價數相關。可用離子強度 I表示。
⒋電滲 在電場作用下液體對于固體支持物的相對移動稱為電滲（ electro-osmosis）。其產生的原因是固體支持物多孔，且帶有可解離的化學基團，因此常吸附溶液中的正離子或負離子，使溶液相對帶負電或正電。如以濾紙作支持物時，紙上纖維素吸附 OH- 帶負電荷，與紙接觸的水溶液因產生 H3 O ，帶正電荷移向負極，若質點原來在電場中移向負極，結果質點的表現速度比其固有速度要快，若質點原來移向正極，表現速度比其固有速度要慢，可見應盡可能選擇低電滲作用的支持物以減少電滲的影響。
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