分子生物學實驗基礎知識簡介
外來基因引起細胞生物性狀改變的過程叫轉化(transformation),以噬菌體把外源基因導入細菌的過程叫轉染(transfection)。利用載體(噬菌體或病毒)把遺傳物質從一種宿主傳給另一種宿主的過程叫轉導(transduction)。一個或一組基因從一處轉移到基因組另一處的過程叫轉位(transposition),這些游動的基因叫轉位子。
一、基因工程的常用工具
(一)載體
載體(Vector)是把外源DNA(目的基因)導入宿主細胞,使之傳代、擴增、表達的工具。載體有質粒(plasmid)、噬菌體、單鏈絲狀噬菌體和粘性末端質粒(粘粒)、病毒等。載體具有能自我復制;有可選擇的,便于篩選、鑒定的遺傳標記;有供外源DNA插入的位點;本身體積小等特征。
質粒存在于多種細菌,是染色體(核)以外的獨立遺傳因子,由雙鏈環狀DNA組成,幾乎完全裸露,很少有蛋白質結合。質粒有嚴緊型和松弛型之分。嚴緊型由DNA多聚酶Ⅲ復制,一個細胞可復制1-5個質粒。而松弛型由DNA多聚酶Ⅰ復制,一個細胞可復制30-50個質粒,如果用氯霉素可阻止蛋白質合成,使質粒有效利用原料,復制更多的質粒。質粒經過改造品種繁多,常用的有pBR322、pUC系列等。這些質粒都含有多個基本基因,如復制起動區(復制原點Ori),便于復制擴增;抗抗生素標記(抗氨芐青霉素Ap r 、抗四環素Tc r 等)或大腸埃希菌部分乳糖操縱子(E.coli LacZ)等,便于基因重組體的篩選;基因發動子(乳糖操縱子Lac、色氨酸操縱子Trp等)和轉錄終止序列,便于插入的外源基因轉錄、翻譯表達。質粒上還有許多限制性內切酶的切點,即基因插入位點,又叫基因重組位點,基因克隆位點。
常用噬菌體載體有單鏈噬菌體M13系統;雙鏈噬菌體系統。噬菌體應和相應的宿主細胞配合使用。以上載體各有特點,便于選擇,靈活應用。
(二)工具酶
工具酶是基因重組技術不可缺少的工具。主要有限制性內切酶、連接酶、核酸聚合酶、逆轉錄酶、核酸酶等。
限制性內切酶有Ⅰ型和Ⅱ型限制性DNA內切酶之分,Ⅱ型能嚴格識別核酸序列,并在識別區內特定的核苷酸處切開DNA雙鏈。故通常所指都是Ⅱ型限制性DNA內切酶。識別分四核苷酸和六核苷酸,其序列旋轉對稱。切口分開端和粘端,產生3′-OH和5′-P末端。內切酶品種多,使用時應注意溫度、緩沖液用量(一般1μg DNA/2-5單位酶)等反應條件。
| 酶 | 識別序列 | 切口 | |
| Alu Ⅰ | …AGCT… | …AG CT… | 四核苷酸 |
| …TCGA… | …TC GA… | 平端切口 | |
| Eco R1 | …GAATTC… | …G AATTC… | 六核苷酸 |
| …CTTAAG… | …CTTAA G… | 粘端切口 |
連接酶有T4噬菌體DNA連接酶、T4噬菌體RNA連接酶、大腸埃希菌DNA連接酶等。DNA連接酶可連接平端,也連接粘端。反應需有Mg 2+ 和ATP存在,pH7.5-7.6。最適溫度37℃,30℃以下活性明顯下降,但考慮到被連接DNa 的穩定性和粘性末端的退火溫度,一般平端連接用20-25℃,粘端連接用12℃左右。
聚合酶有DNA聚合酶(以DNA為模板合成DNA大腸埃希菌DNA聚合酶Ⅰ,大腸埃希菌DNA聚合酶Ⅰ大片段(Klenow大片段),T4或T7噬菌體DNA聚合酶等);RNA聚合酶(以DNA為模板合成RNA,T7或T3噬菌體RNA聚合酶);逆轉錄酶(以RNA為模板合成DNA,除RNA病毒中發現外,發現大腸埃希菌DNA聚合酶Ⅰ和Taq DNA聚合酶都有逆轉錄活性)。
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