微生物分類鑒定中常用的方法概述
在微生物分類鑒定中常用的方法主要分為三大類技術(shù):第一類是以傳統(tǒng)指標(biāo)為基礎(chǔ)的生物分類方式;第二類是以分子生物學(xué)為基礎(chǔ)的分類方式;第三類是自動化或半自動化的鑒定技術(shù)。當(dāng)然,還有其它方式能夠?qū)ξ⑸镞M(jìn)行分類鑒定。
正常生長狀態(tài)下,微生物是相對穩(wěn)定的,其運動性、細(xì)胞形態(tài)、染色特性以及培養(yǎng)特征等形態(tài)特征,是易于觀察和比較的,能夠明顯區(qū)分微生物的種類。
與分析基因序列信息的過程相比,通過微生物的生理生化特點進(jìn)行鑒定分類的過程簡單容易很多。每一種微生物能夠產(chǎn)生特定的酶或特定的代謝產(chǎn)物(詳見微生物鑒定--生化鑒定),以生化技術(shù)驗證特定的代謝產(chǎn)物,同時比較微生物的營養(yǎng)類型、厭氧或需氧、生長適應(yīng)的溫度、滲透壓和PH值的適應(yīng)性,可以對微生物進(jìn)行鑒定和分類。
G+C mol%是指G+C占基因中全部堿基的分子百分?jǐn)?shù),其表示DNA堿基組成的特征。每一個生物種的GC%有一個特定的范圍,因此可以用作于生物的分類鑒定指標(biāo)。
細(xì)菌的GC在25--75%之間,范圍變化很大,所以GC%主要用于細(xì)菌的分類鑒定。一般用于檢驗形態(tài)學(xué)等表征難以區(qū)分的細(xì)菌,在分子水平上對細(xì)菌進(jìn)行鑒定分類。
兩個G+C含量相似的生物并不表示它們之間存在相近的親緣關(guān)系,因此,G+C含量更多是用于分類鑒定中的否定。例如,兩個菌株的形態(tài)學(xué)特征與生理生化特征都極具相似,但G+C含量的差別大于5%,則不是同一種菌株,大于15%則不是同一個屬。
不同生物DNA堿基排列順序的異同能夠直接反映生物之間親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,堿基之間的同源性越高,則生物之間的親緣關(guān)系越近,反之亦然。
目前,基因測序技術(shù)有了很大的進(jìn)展,但大批量測序鑒定,依舊是高成本的。直接比較生物的堿基序列信息在現(xiàn)階段是難以普及的。因此,間接比較堿基序列的核酸分子雜交技術(shù)是目前比較常用的。
除此之外,還有生態(tài)特性、血清學(xué)試驗、噬菌體分型、氨基酸順序和蛋白質(zhì)分析等方式對微生物進(jìn)行鑒定分類。