蛋白質(zhì)組學(xué)入門－酶解篇
1. 用 Trypsin 酶解蛋白質(zhì)時(shí)，碳酸氫氨的濃度應(yīng)該是多少？
酶解時(shí)碳酸氫氨的濃度一般在 10 ～ 50 mM 之間。碳酸氫氨的作用主要是提供一個(gè)堿性的水解環(huán)境，因?yàn)?Typsin 的活力在 pH8 ～ 9 之間最高。
最常用的碳酸氫氨濃度有 20 mM ， 40 mM 。鹽濃度過大時(shí)，后續(xù)的凍干過程中會(huì)有較多的鹽析出；鹽濃度過小時(shí)，則不能有效的提供堿性 pH 的水解環(huán)境（尤其是在樣品的 pH 值低，而且體積大時(shí)）。
2. Trypsin 儲(chǔ)存液的作用是什么？
Trypsin 在 pH8 ～ 9 活力最高，所以為了防止酶的自水解， Trypsin 母液要處于一個(gè)酸性的環(huán)境里以便長期保存。 Trypsin 儲(chǔ)存液的 pH 大約是 5.3 ，是用來稀釋母液用的。如果所需的酶量較大，可以直接用碳酸氫氨溶液來稀釋母液。如果酶解的樣品少，可以用儲(chǔ)存液來稀釋，這樣剩余的酶液可以在 -800C 保存到下次使用。
3. Roche 的酶和 Promega 的酶，那個(gè)更好？
Roche 的酶有自降解，而 Promega 的酶基本上沒有自降解。由于酶的自降解峰可以用來做很好的內(nèi)標(biāo)，所以一定限度的酶自降解對 MALDI 數(shù)據(jù)的校準(zhǔn)很有幫助。
4. 什么情況下需要用 Ziptip 來處理樣品？
當(dāng)樣品含有大量的鹽時(shí)，需要用 Ziptip 來除鹽；當(dāng)樣品量很少，但體積比較大時(shí)（ 20 微升以上）時(shí)，需要用 Ziptip 來濃縮。
如果樣品中有甘油， SDS ，或其他雜質(zhì)時(shí)， Ziptip 的使用要格外當(dāng)心，在這種情況下， Ziptip 的填料容易被雜質(zhì)堵塞；另外 Ziptip 使用不當(dāng)時(shí)，樣品會(huì)有損失。所以當(dāng)樣品比較珍貴（的來不易）時(shí)，最好先用其他樣品做預(yù)實(shí)驗(yàn)，摸順條件后，再作真正的樣品。
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