siRNA的設計
1. 在設計RNAi 實驗時，可以先在以下網站進行目標序列的篩選：
http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html
http://www.ic.sunysb.edu/Stu/shilin/rnai.html
http://design.dharmacon.com/rnadesign/default.aspx?SID=45358710
2.RNAi 目標序列的選取原則：
(1) 從轉錄本（mRNA ）的AUG 起始密碼開始，尋找“AA” 二連序列，并記下其3' 端的19 個堿基序列，作為潛在的siRNA 靶位點。有研究結果顯示GC 含量在45%—55% 左右的siRNA 要比那些GC 含量偏高的更為有效。
Tuschl 等建議在設計siRNA 時不要針對5' 和3' 端的非編碼區（untranslated regions ，UTRs) ，原因是這些地方有豐富的調控蛋白結合區域，而這些UTR 結合蛋白或者翻譯起始復合物可能會影響siRNP 核酸內切酶復合物結合mRNA 從而影響siRNA 的效果。
(2) 將潛在的序列和相應的基因組數據庫（人，或者小鼠，大鼠等等）進行比較，排除那些和其他編碼序列/EST 同源的序列。
例如使用BLAST （ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ ）
(3) 選出合適的目標序列進行合成。通常一個基因需要設計多個靶序列的siRNA ，以找到最有效的siRNA 序列。
3. 陰性對照
一個完整的siRNA 實驗應該有陰性對照，作為陰性對照的siRNA 應該和選中的siRNA 序列有相同的組成，但是和mRNA 沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA 序列打亂，同樣要檢查結果以保證它和目的靶細胞中其他基因沒有同源性。
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