生長速率引起的質粒不穩定
外源質粒的存在一方面將大量消耗細胞代謝的中間產物和能量，將不可避免地降低含質粒細胞的生長速率；另一方面也將促進質粒及宿主細胞發生突變，突變的結果要么使質粒丟失，要么使質粒表達蛋白質能力下降，這體現了宿主細胞的自我保護功能，突變的結果是生長速率增加。因此在基因工程菌培養時，從嚴格的意義上說，不能算是純種培養，而是含不同質粒（包括不含質粒）細胞的混合培養，它們以不同的生長速率生長，互相競爭營養物質。由于不含質粒、少含質粒或突變的細胞生長速率快，在長期的培養過程中它們將具有生長優勢，比例不斷增加。不含質粒細胞的生長優勢，將不利于提高蛋白質產物表達水平。通過在質粒中加入選擇性標記，如抗生素抗性標記，就可以抑制不含質粒細胞的生長，保證含質粒細胞占優勢，提高目標蛋白質產物的表達水平。
