怎樣尋找不同物種間對應的基因?
利用 NCBI 可以查詢不同物種間相對應的基因,如與小鼠相近的人類的基因:
人和大鼠是做過全基因組比較基因組學研究的, UCSC 做得最全全面,已有相關的 paper 發表。在 UCSC 的 Genome Browser 中,可以通過基因名查詢人、小鼠、大鼠、雞、猩猩、狗、斑馬魚、河豚這些物種之間的對應或相似的基因。
也可以通過 homologene 來進行查詢:
例題 : 找到跟人的 p21 基因相對應的大鼠基因 .
1. 進入 entrez gene .
2.search gene for p21
To limit your search to a specific field, select:gene name
Limit by Taxonomy: Mammalia: Homo sapiens
3. 選擇第一個 CDKN1A, 在 link 中新窗口打開 homologene得到: R.norvegicus--- Cdkn1a--- cyclin-dependent kinase inhibitor 1A
4. 在大鼠芯片 list 中查找 Cdkn1a,得 :13 17 n0313f03 U33314 Rn.10128
Rattus norvegicus serine/threonine kinase beta-PAK mRNA, complete cds p21 (CDKN1A)-activated kinase 3 Pak3
就這樣找到了和人的 p21 基因對應的大鼠基因 Cdkn1a. 如果你對該序列還不是很放心的話,可以將兩條序列進行比對,或者尋找原始文獻確證一下。
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