微衛(wèi)星技術(shù)(micro satellite， MS)
微衛(wèi)星DNA又稱短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats， STR) 、簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeat， SSR)，指DNA基因組中小于10個(gè)核苷酸的簡(jiǎn)單重復(fù)序列，廣泛存在于真核基因組中，多數(shù)以2～6個(gè)堿基為核心單位、串聯(lián)重復(fù)排列的序列。
1974年，Skinner 在寄居蟹中發(fā)現(xiàn)了衛(wèi)星DNA的重復(fù)序列(TAGC)n。1981 年， Miesfeld 等從人類基因文庫中發(fā)現(xiàn)了微衛(wèi)星DNA。隨后人們發(fā)現(xiàn)這種簡(jiǎn)單重復(fù)序列在真核 生物 中廣泛存在。Tautz和Renz(1984)發(fā)現(xiàn)這種短的重復(fù)是真核基因組獨(dú)有的，并稱之為“簡(jiǎn)單重復(fù)”。后來Litt等(1989)在心肌肌動(dòng)蛋白的基因內(nèi)擴(kuò)增了一種二核苷酸重復(fù)，首創(chuàng)“微衛(wèi)星(microsatellite)” 這個(gè)名稱。Edwards等(1991)所謂的SSR是上述命名的連續(xù)。
1 原理
SSR標(biāo)記分析的基本原理是利用某一SSR兩翼區(qū)域特定的DNA序列，來設(shè)計(jì)位點(diǎn)專一的一對(duì)引物，在PCR儀上擴(kuò)增單個(gè)SSR位點(diǎn)，通過電泳，進(jìn)行SSLP分析，在此基礎(chǔ)上進(jìn)行相應(yīng)的遺傳分析。
2 實(shí)驗(yàn)流程
從有關(guān)數(shù)據(jù)庫（GenBank, EMBL DDBJ等）或文章中查詢
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構(gòu)建基因組文庫,篩選SSR位點(diǎn)→獲得引物 ← 使用近緣種的引物
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PCR擴(kuò)增
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凝膠電泳
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數(shù)據(jù)處理
3 特點(diǎn)
優(yōu)點(diǎn)：SSR在真核 生物 基因組中分布廣、多態(tài)性豐富；其產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序膠電泳分離時(shí)單堿基分辨率高、遺傳信息量大；SSR通常為顯性標(biāo)記，呈孟德爾式遺傳，具有很好的穩(wěn)定性和多態(tài)性，DNA用量少，技術(shù)要求低，成本低廉，PCR擴(kuò)增的可重復(fù)性高。
缺點(diǎn)：開發(fā)和合成新的SSR引物投入高、難度大；現(xiàn)有的SSR標(biāo)記數(shù)量有限，不能標(biāo)記所有的功能基因，不能構(gòu)建飽和的SSR遺傳圖譜；SSR多態(tài)性的檢測(cè)和應(yīng)用很大程度上依賴PCR擴(kuò)增的效果；SSR座位突變率高，對(duì)變異反應(yīng)非常敏感等等。
4 應(yīng)用
SSR可用于構(gòu)建遺傳圖譜，遺傳標(biāo)記選擇，建立DNA指紋，用于品種鑒定，或是利用標(biāo)記輔助選擇，加快育種速度等。另外，SSR標(biāo)記還有其它的用途。如用于基因定位、QTL分析、系譜分析、親源關(guān)系鑒定、群體間遺傳距離分析、進(jìn)化和遺傳多樣性研究等。
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